Bah écoute t'as utilisé un logiciel qui gérait mal la transparence, alors que les tilesets devaients déjà être un peu transparent de nature, m'enfin je me comprend.
Ensuite déjà: Les deux "tubes" ils ont chacun une utilité, clic gauche: rendre la couleur transparente/clic droit, la couleur des ombres, ce qui permet d'avoir une ombre sous des arbres par exemple, m'enfin c'est pas l'intérêt du topic, c'est juste que t'avais pas l'air de le savoir.
Ensuite en ce qui concerne le problème, t'as plus qu'a reprendre ton ancien Tile et réassembler le tout avec un bon logiciel qui gère ce genre de chose.