Ha, le fameux problèmes du mutliTileset !
Je l'ai eu aussi, il y a un bout de temps, et un logiciel m'as réglé ça; il s'appelle SwapXT, et est franchement énorme !
En gros dans ce logiciel, tu peux prendre n'importe quel tileset, pour n'importe quel map, et choisir son ordre de passage (ce qui faisait un peu défaut sur les autres programmes de multitileset)
Le seul inconvénient, c'est qu'il est en Anglais.
http://rmrk.net/index.php?topic=39511.0