Après les Evénements sur la planète SR388, les scientifiques de la Fédération Galactique tentent d'exploiter le virus X pour en faire une arme pour combattre les menaces diverses. Il arrivent alors à créer un double presque parfait de Samus Aran, une coquille a priori sans âme... Elle est dotée des capacités, des souvenirs de Samus. Ils envoient le double nommé - SA-X+ sur toutes sortes de planètes pour y accomplir des missions dangereuses. Le problème est que SA-X+ est vivante, intelligente et est bel et bien dotée de conscience. Les scientifiques de la FG eux ne se posent pas la question SA-X+ est un être biologique fascinant et s’en servent alors pour leurs expériences foireuses. La jeune femme ne se rebelle pas grâce à une puce Electronique dans son cerveau. De plus, pour éviter le pire, les scientifiques, effacent et modifient ses souvenirs à leur guise. Elle croit alors être Samus Aran... Mais ce que les scientifiques n'avaient pas prévu, c'est que la base ou ils menaient les expériences fut attaquée par les pirates de l'espace qui veulent s'approprier le SA-X+. Ils savent que c'est une arme, mais ils ne savent pas que c'est un double de Samus Aran. SA-X+ découvre qui elle est vraiment quand elle rencontre la vraie Samus Aran ... Les deux jumelles sont sur le point de s'entre-tuer lorsque Ridley, le chef des pirate se joint à la belle boucherie , Samus et SA-X+ sont obligées de combattre côte à côte pour tuer ce monstre. SA-X+ se lie alors d'amitié avec Samus Aran , elle se jure de retrouver et de détruire tout les X+ ( virus d'on elle est composée) pour éviter que les pirates ne s'en emparent car ils comptaient faire des clones de Ridley avec ce virus ...